K.A.S. Eupen được thành lập năm 1945 từ sự hợp nhất của Jugend Eupen và FC Eupen 1920.[1]

Đội bóng lần đầu lên đến Giải bóng đá chuyên nghiệp quốc gia Bỉ vào mùa giải 2010–11

Tháng Sáu 2012, câu lạc bộ được mua lại bởi chính phủ Qatar và Học viện Aspire, tổ chức cũng sở hữu cả đội bóng Paris Saint-Germain. Học viện Aspire thông báo rằng họ sử dụng câu lạc bộ như bệ phóng vào bóng đá châu Âu cho các học viên tốt nghiệp từ châu Phi, Nam Mỹ và châu Á.[2]

Eupen đứng thứ hai tại hạng nhì mùa giải 2015–16, giành quyền thăng hạng vào sân chơi cao nhất của bóng đá Bỉ lần thứ hai trong lịch sử và lần đầu tiên trụ hạng thành công.[1]